Сам спросил, сам ответил. Надо всего лишь было записывать не массив объектов itemsArr, а перебрать его, и записывать каждую ячейку.
Вот функция shuffle:
btnStart.addEventListener("click", function (event) {
console.log("Поменял!");
event.preventDefault();
shuffle(itemsArr);
for(var data in itemsArr){
wrap.appendChild(itemsArr[data]);
}
});
for(var data in itemsArr){
wrap.appendChild(itemsArr[data]);
Этот код записывает сгенерированный порядок.