Вот ведь! Оказывается действительно проблема в относительных путях.
Я использовал команду
sencha generate workspace .
В итоге это порождало кучу проблем.
Я заменил эту команду на такую:
sencha generate workspace ./
И все заработало как в сказке!!!
Спасибо за подсказку!