разметка структуры, визуализации и поведения хотя и должна находиться в разных файлах, но в результате должен получаться один документ содержащий их все.
пример:
http://smileg.akmedia.ru/html/lib/
смотри, как реализован компонент всплывающего меню:
http://smileg.akmedia.ru/html/lib/cl...onent/popup.js
инициализируется сразу при загрузке элемента, а не страницы целиком.