Спасибо что дали возможность разобрался самому).
В следующий раз опишу вопрос подробней.
Решение:
var top2=0;//глобальная переменная
$(".menu").on("click","a", function (event) {
event.preventDefault();
$(this).parent().addClass('active').siblings().removeClass('active');
var id = $(this).attr('href'),
top = $(id).offset().top;
top2 +=top;//суммирование расстаяний
container.css('top', -top2);
console.log("top = "+top);
});
});