[Яростный Меч]

сплитом, похоже, никак.

вот, вариант, в котором есть экранирование точек и "экранирование экранирований"

var str = "12.34\\.56\\\\.78\\\\\\.90";
var m, rx = /(?:^|[^\\])(?:\\\\)*\./g;

var index = 0;
var arr = [];
while (m = rx.test(str)) {
  arr.push(str.substring(index, rx.lastIndex - 1));
  index = rx.lastIndex;
}
arr.push(str.substring(index, str.length));

console.log(arr);