LCH, скорее всего ты уже всё знаешь
, но если вопрос остался открыт:
$scope.addItem = function(index) {
itemsFactory.addItem(index);
};
Передавай не объект (т.к. объект передается по ссылке), а копию объекта.
А затем, очищай модель привязанную к инпуту:
$scope.addItem = function(index) {
itemsFactory.addItem(angular.copy(index));
$scope.newItem.name = '';
};