[Dilettante_Pro]

<script src="js/jquery-1.11.3.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
var size;
function windowSize(){
if ($(window).width() <= 1360){
size = 1;
} else {
size = 2;
}
myfunc();
}

$(window).on('load resize',windowSize);
function myfunc(){alert(size);}

</script>

Ваша myfunc только и могла работать один раз - при загрузке. Больше ей не было причин работать