Keramet,
Чтобы проще было это понять, представьте себе, что у нас есть объект таймаут
Timeout.setTimeout(callback)
//В объект таймаут записывется некий слот, скажем, onTimeout = callback
// а где то на уровне реализации по событию таймаута движок вызывает этот коллбек
onNextTick = function(){Timeout.onTimeout()}
Вот так все реально и происходит, просто многое скрыто от ваших глаз, и это приводит к непоняткам.