[Maxman]

Решил. Дело было в том, что не к тем файлам путь указан был.

var fs = require('fs'),
    https = require('https'),
    express = require('express');

var port = 3000;
var app = express();

var options = {
    key: fs.readFileSync('/var/www/httpd-cert/admin/qwile.com.key'),
    cert: fs.readFileSync('/var/www/httpd-cert/admin/qwile.com.crt'),
    requestCert: true
};

var server = https.createServer(options, app); 
server.listen(port, function() {
	console.log("Express server listening on port " + port);
});