[Rustam97]

Rustam97,
Сдвиг происходит из-за вращения div'а переменной высоты вокруг его центра. чтобы не было сдвига, нужно из параметра top вычитать половину результата, примерно так:
getCircle[i].style.cssText = 'top:' + (1000 - 50 / result) + 'px; border-top-width:' + 100 / result + 'px;';

А можно по конректнеее что тут изменить так чтобы он оставался в том же месте а менялся только радиус.[

var getCircle = document.querySelectorAll('.cone');
        for(var i=0; i<getCircle.length; i++) {
        getCircle[i].style.cssText = 'width:'+result+'px;height:'+result+'px';