Ну во первых в JS JIT работает на уровне функций, т.е. после множественного вызова функции JIT обратит на неё внимание и попробует оптимизировать.
В ASM.js AOT, а не JIT, т.е. всё компилится непосредственное перед запуском программы, а не во время, а это возможно благодаря явной информации о типах и общей строгости диалекта. С другой стороны JIT, не замедляет старт приложения, а вот AOT очень даже может.
Если посмотреть профилировщик в JS, то значительная часть времени уходит на сборку мусора, а в ASM.js никакой сборки мусора нет и прямой доступ к памяти, как в С, что также даёт бешеный профит.
Ну и последнее: обычно в asm.js идёт портирование из С/С++, который в свою очередь был скомпилен, а компиляторы С просто монстры с точки зрения оптимизаций на этапе компиляции, но конечно же, это не быстрый процесс
