[Ferroks]

у вас checkbox-ы разбиты на блоки.
при чем для этого блока есть заголовок, и главный checkbox
почему бы не свернуть все эти блоки до одной главной строчки, и в правом углу сделать кнопку(выглядящею как стрелка, вроде всяких выпадающих списков)
соответственно, если человеку нужно что-то из подпунктов, то он может раскрыть, и выбрать все нужное
Если же вам скрытие недопустимо, то разбили бы на 4 колонки, и сделали бы более ровными столбцы по высоте. для этого можно например блок сильно вылазящий вниз относительно других, разделить на два, и второй перенести в следующий столбец

сделаю 2 дерева checkbox'ов,только наверно будет еще длиннее страница, если все плюсики раскрыть.