[destus]

на первой строке работает (т.е. подавляет) а на следующих нет.

Ну если несколько строк, значит для каждой надо событие обрабатывать

<table style="border: 1px solid black" width="100" height="100">
        <tr  onClick="javascript:alert('123');">
            <td><input type="checkbox" /></td>
        </tr>
        <tr onClick="javascript:alert('123');">
            <td><input type="checkbox" /></td>
        </tr>
    </table>
    <script>        
        var arr = document.querySelectorAll('input[type=checkbox]');
        [].forEach.call(arr, function (el) {
            el.addEventListener('click', function (e) {
                e.stopPropagation();
            })
        })
    </script>