[Deff]

yun, Привязать к таймеру

var st1=+new Date(); setTimeout(function(){
   /*Тут что-то*/for(var i=0;i<10000000;i++){var a=i}

    /*когда нужно узнать время*/
    alert('1:'+(+new Date()-st1))
},2000);

for(var i=0;i<1000000;i++){var a=i}

/*узнать время вне setTimeout от запуска setTimeout*/
alert('2:'+(+new Date()-st1))

Если бы можно было его изменять (т.е. добавлять или уменьшать время), было бы вообще круто.

Если время запуска еще не стартовало, проще удалить текущий счетчик clearTimeout и поставить новый с нужным отсчётом, а если стартовало, то поздно пить боржоми при любых Ваших хотелках