[рони]

да, но как тогда решить такие задачи?

запускать следующий цикл, только когда отработал предыдущий, либо отключать работу предыдущего цикла при запуске нового.
первый вариант пост 4
второй ниже

(function phone_anim() {
		$('.phone').stop(true,true).animate({
			opacity: 0.3
		}, 600).animate({
			opacity: 1
		}, 600 );
     window.setTimeout(phone_anim, 1200)
	}())

даже если 1200 будет меньше 600 + 600 , stop прервёт предыдущие анимации и наложения анимаций не произойдёт.