K_Dmitrij,
проверять через медиазапросы ориентацию устройства и менять header.
@media (orientation : landscape) /* альбомная ориентация */
@media (orientation : portrait) /* книжная */
Ну или добавить больше контрольных точек
@media (max-width:321px){
/* что-то делаем */
}