Form тут ни при чем. Просто в IE атрибут href возвращает полностью. Надо его тоже обрезать:
var h1, n1;
for (var i = 1;i <= 4;i++) {
var lnk = document.getElementById('a' + i)
if (!lnk) continue;
h1 = lnk.getAttribute('href');//alert(h1);
n1 = h1.indexOf('go_')
h1 = h1.substring(n1) //alert(h1);
if (shortHref == h1 )
{
// если нашлась, произвожу с ней некие действия...
Ваш первый код тоже работает нормально. Заметили то что в комментариях: //
alert(h1); очень помогает при отладке - выяснить в чем дело.