Объявляемая кодировка не затрагивает заголовки поэтому тему письма, а также имя перед адресом кодируют так, как было показано:
$subject = '=?utf-8?b?' . base64_encode('Заказ от '.date('d.m.Y').'г.') . '?=';
$headers[] = 'From: =?utf-8?B?' . base64_encode('Best Shop') . '?= <noreply@best-shop.piva.net>'; // От кого
Читайте рекомендации RFC, и темы не относящиеся к JS помещайте в соответсвтующий раздел.