В общем нашел решение - надо код
//навешиваем событие "click" на каждый маркер
for (i=0; i<marker.length; i++) marker[i].addListener("click",function(event){alert('marker: '+i)});
заменить на
//навешиваем событие "click" на каждый маркер
for (i=0; i<marker.length; i++){
marker[i]["i"] = i;
marker[i].addListener("click",function(){alert('marker: '+this.i)});
}