vitoff, Массив в javascript (да и почти везде) передается по ссылке, не по значению.
То есть технически в результате такой конструкции
var comb = [1,0,0];
mirror[0] = comb;
mirror - это не просто какой-то отдельный массив [[1,0,0]]
Это [ссылка на массив comb]; То есть массив, первым элементом которого является та самая штука, которую вы присвоили, сама переменная, а не значение этой штуки.
Более-менее ясно? Это кажется одна из вещей часто путающих новичков в программировании