В любом случае надо будет создавать копии исходных файлов. Кстати, можно преобразовать файлы и в формат MS Word
При работе с локальными файлами возникнут проблемы с политиками безопасности. В частности, Internet Explorer будет ругаться на javascript. Другими словами лучше делать html-копии файлов и загружать их на сервер.
Посмотрите технологию "masha.js". Возможно, заинтересует.
http://hello-site.ru/web-notes/script-mashajs/
"В этой заметке мы рассмотрим очень интересный скрипт, который позволяет отметить определенный кусок текста на странице сайта. Основная идея скрипта заключается в возможности поделиться этой частью текста с теми, кому хотелось бы его показать. Скрипт генерирует адрес страницы, добавляя определенные параметры в урл, и помечает выделенный текст в определенном оформлении."