Вот почему не работало - скрипт должен был выполняться после открывающего тега body (т.к. getElementsByClassName должен быть в теле документа? А getElementById может быть и в head, необязательно в body?)
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
</head>
<body>
<div class="price">
547 300руб. <br />
</div><div class="price1"></div>
<script>
for (var i = 0; i < document.getElementsByClassName('price').length; i++) {
var a = document.getElementsByClassName('price')[i].innerText.replace(/\D/g, ''),a = +a / 10000;
document.getElementsByClassName('price')[i].nextElementSibling.innerText = a.toString().replace('.', ',')+'руб.';
}
</script>
</body>
</html>