Если из полученного массива на клиент нужно передать только координаты, то тогда формируйте массив, а затем отдавайте го как JSON. Но естественно не таким образом как у вас в коде. Можно так:
echo json_encode(array_map(function($v) {
return [$v['Latitude'], $v['Longitude']];
}, $result));
если $result, это есть исходный массив.
Если же на клиенте требуется все, то можно уже на клиенте из полученного объекта сформировать массив координат.
PS, если представленный код выводиться в индексном файле и в строку 58 и нужно вставить эти координаты, то можно так:
points = <?=json_encode(array_map(function($v) {
return [$v['Latitude'], $v['Longitude']];
}, $result))?>