[Strongman]

$('#area input:checkbox').each(function(i, v){
document.body.innerHTML += "<br>Прошли по "+i+"-му элементу";

	this.onchange = function OnChangeFunction(){
	        document.body.innerHTML += "Изменен "+i+"-ый checkbox";
		if(this.checked){
			$('#clones span')[i].html = $('label')[i].html;
			document.body.innerHTML += "Выделен "+i+"-ый checkbox";
		} 
	}
});

- вот этот код работает некорректно, уже не помню что там, но работает некорректно. Имею ввиду не весь код, а выбор INPUT-ов в первой строке. Откуда Вы его взяли? Просто так откуда-то скопировали?
Я написал свой:

var mi = document.getElementsByTagName('input'),
ms = document.getElementsByTagName('span');

- мне кажется он работает лучше.