Если не менять структуру массивов, придется добавить еще аргумент.
timerCurrentBuss(time,num);
и поменять
document.getElementById("nextbusleft").innerHTML = ("Осталось минут: " + (timeLeft.minutes - time.minutes))
на
document.getElementById("nextbusleft").insertAdjac entHTML("<div>До рейса ' +num+' осталось минут: " + (timeLeft.minutes - time.minutes)+'<div>');
но тогда перед запуском цикла, придется стирать все
document.getElementById("nextbusleft").innerHTML=' ';