[laimas]

var $a = $(".a"),
    $b = $("#root").append("<div class='b'>b-dynamic</div>").find('.b');

//и 

var $a = $(".a");
$("#root").get(0).innerHTML += "<div class='b'>b-dynamic</div>";
var $b = $("div.b");

Иначе в цикле на добавленные не сослаться.