Если это необходимо, определять UA должен сервер, и пулять уже нужный стиль. Некоторые мобильные браузеры вообще игнорят скрипты.
Но если так хочется, то:
<head>
<script>
if( /Android|webOS|iPhone|iPad|iPod|Windows Phone|Opera Mini/i.test(navigator.userAgent) ) {
document.write('<link href="css/mobile.min.css" type="text/css" rel="stylesheet">');
} else {
document.write('<link href="css/style.min.css" type="text/css" rel="stylesheet">');
console.log("desktopVersion")
}
</script>
</head>
Собсно это одно из редких легальных применений document.write.