Убирал за "ненадобностью", с ним все также было. Спасибо.
Попробовал вот так, сработало:
var formData = new FormData();
formData.append("myfile", file);
xhr.open("POST", "", true);
xhr.send(formData);
Интересно почему так:
new FormData(document.forms.upload);
не хотел?