Если появляться должно с черного фона, а работать должно на белом, то либо анимировать цвет и прозрачность, либо прозрачность черного слоя над белым рабочим, а не fadeOut к самому слою.
Если fadeOut к черному рабочему над белым фоном страницы, то все правильно должно быть background: #000; по окончании изменяя стиль этот.
Где мелькание?
<html>
<head>
<style>
#page {
color: #fff;
}
</style>
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.0/jquery.min.js"></script>
<script>
$(function() {
$('#page').css('background', '#000').fadeOut('slow',function() {
$(this).remove();
});
});
</script>
</head>
<body>
<div id="page"><div class="spinner">Text</div></div>
</body>
</html>