Строго говоря, то что где-то работает - это неправильно: после submit ничего работать не должно, т.к. страница меняется.
Самое простое - перенаправить в отдельное окно:
function print_accept_orders(){
var form = document.accept_orders_form;
form.action = "php/print_rtf.php";
form.target = "print_rtf";
form.submit();
form.action = "php/print_pdf.php";
form.target = "print_pdf";
form.submit();
}