Сохранять отдельно надо. Если таймер всегда должен быть в одном экземпляре, то проще всего сделать так:
function timer(){
clearInterval(timer._interval);
timer._interval = setInterval(function(){
//код
}, 1000);
}
или так
function timer(){
if(timer._interval) return; //просто ничего не делаем, раз уже запущен
timer._interval = setInterval(function(){
//код
}, 1000);
}
Т.к. функции в js - объекты, тут мы просто назначаем свойство с нужным значением.