[Black_Star]

Используй
setTimeout()

Чё-то не стартует

window.onload = function () {

		var object;
		var $elem = $('#bigBlock div');
		var len = $('#bigBlock div').length;
		var i = 0;

		for (i = 0; i < len; i++) {

				function Change() {

						$elem.eq(i).addClass('animated flip');
						changeSizes($elem.eq(i));

						function changeSizes(el) {
								el.animate({
										width: el.height(),
										height: el.width()
								}, 1000);
						};

						setTimeout(Change, 1000);
				}
		}

}