Установите MySQL Command Line Client или выполните sql запросы в обертке сценария node js в таком духе:
/*Подключение модуля связи с mysql*/
var mysql = require('../node_modules/npm/node_modules/mysql');
/*Параметры подключения к серверу бд*/
var connection = mysql.createConnection({
host : 'localhost',
user : 'root',
password : 'root',
database : 'db'
});
/*Вызов подключения*/
connection.connect();