Dilettante_Pro,
 Здравствуйте.
То есть, вот так нужно?:
window.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {
    function d() {
        b = a[c];
        c = ++c % g;
        $(b).fadeIn(600);
        e = window.setTimeout(f, 5E3)
    }
 
    function f() {
        window.clearTimeout(e);
        $(b).fadeOut(600);
        window.setTimeout(d, 5E3)
    }
    var a = document.querySelectorAll(".parent_popup"),
        e, b, a = [].slice.call(a, 0),
        c = 0,
        g = a.length;
    a.forEach(function(a) {
        a.querySelector(".close").addEventListener("click", function(a) {
            a.preventDefault();
            f()
        })
    });
    window.setTimeout(d, 5E3)
});
Спасибо!