[join]

Правда, получилось, что после изменения скорости первая буферизация мелодии длится дольше обычного, и процессор чуть больше греется.

Тоже заметил изменение скорости не решает проблему воспроизведения..
Скорость должна быть одинаковой для всех мелодий.
И это верно, все мелодии играются на одной скорости в любом плеере. Есть лишь настройка, меняющая скорость (быстрее-медленнее), но это для поиграться сделано, а не для всех мелодий по умолчанию.

Если эхо каждой ноты идет как часть времени мелодии, то мелодия увеличивается на эти эхо-интервалы.Решить проблему со скоростью можно выкинув эти эхо-интервалы из общей продолжительности мелодии. или, еще вариант ,поделить уже существующие паузы на много частей. Например в интервале от 0.1сек - до 1сек.