[Brook]

Все решил, жалко что никто не поучаствовал.
Вот решение (работает со всеми правильно введенными срезами(step) для размера 9 их три step: 2,4,8)

var arr = [],
    sectors = [],
    step = 2,
    size = 9;

var str = '';
for(i = 0; i < size*size; i++) { // fill array
  arr[i] = i+1;
  str+=addZero(''+arr[i], 2);
  if( (i+1) % size === 0 && i !== 0) {
    console.log(str); // draw array
    str = '';
  } else {
    str+=', ';
  }
}

for(i = 0; i < Math.pow(Math.floor(size/step),2); i++) {
  sectors.push([]);
}

var to_arr = 0,
    x, y,
    line_up = Math.floor(size / step),
    is_repeat, j_step;

for( i = 1, j = 0, k = 0; i < 82; i++, j++) {
  x = Math.floor( i % size );
  y = Math.floor( (i-1) / size ); 
  
  j_step =j%step;
  is_repeat = k%step==0 && k != 0 && y != 0 && y!=(size-1);  
  
  if(j_step != 0 || j == 0) {
    sectors[to_arr].push(i);
    if(is_repeat) {
      sectors[to_arr+line_up].push(i);
    }
  }
  
  if(j_step == 0 && j != 0) {
    sectors[to_arr].push(i);
    if(is_repeat) {
      sectors[to_arr+line_up].push(i);
    }
    if(x!=0) {
      sectors[to_arr+1].push(i);
      if(is_repeat) {
        sectors[to_arr+line_up+1].push(i);
      }
    }
    to_arr++;
    j = 0;
  }
  
  if(x==0) {
    to_arr = (Math.floor(k/step)-(is_repeat?1:0)) * line_up+(k%step==0 && k !=0?line_up:0);
    k++;
    j=-1;
  }
}
console.log(sectors);

function addZero(str,length) { // add 0 to fill str length
  while(str.length < length) {
    str = '0'+str;
  }
  return str;
}