[CarterSS]

Судя по фрагменту html, у вас на разных элементах одинаковые id.
В таком случае поведение элементов непредсказуемо.

Это просто запись в логе, объекта всего два.

Нашел причину поведения: ui.style.property перестает работать после того, как добавляю элемент "controls", а делаю это следующим образом:

var ui = document.getElementById('ui');
    var container = ui.parentNode; 
    markup = '<div class="ft-controls"><div>';
    container.innerHTML = container.innerHTML + markup;  
    controls = container.getElementsByClassName('ft-controls');

Исправил кривизну

markup = '<div class="ft-controls"><div>';
    container.innerHTML = container.innerHTML + markup;

на

controls = document.createElement('div');
    controls.className = 'ft-controls';  
    container.appendChild(controls);

Теперь ui.style.property работает.