Ничего не надо настраивать, нужно принимать, что отдал клиент, а не писать отсебятину.
Во-первых, в коде клиентском не видно, что такое formData.
Во-вторых в jQury нет метода преобразования объекта в JSON, это делается его плагином методом $.toJSON().
То есть, если formData, это действительно объект описывающий поля формы
{notEmpty : значение, phone : значение, formData : значение}, то этот объект будет передан серверу как json-строка под ключом jsonData.
Чтобы получить поля формы, из этого, нужно:
$post = json_encode($_POST['jsonData']); //получим объект
//получить в котором значение поля к примеру phone так
$phone = $post->phone;
//если же после преобразования нужен не объект, а массив, то так
$post = json_encode($_POST['jsonData'], 1);
//а значение поля phone так
$phone = $post['phone'];
Так что разбирайтесь сначала с тем что отправляет клиент.