Kolyaj,
Хм. Точно. Спасибо
Сделал всё в одном файле- заработало
alert('Start js');
var start_button = document.createElement("div");
start_button.innerHTML = '<script type="text/javascript"> function div_calc(){alert("Inside function");} </script>'+
'<input type="button" value="Button" onClick="div_calc()">';
document.body.insertBefore(start_button, document.body.firstChild);
Только уж больно неудобно всю js-функцию в виде строки писать. А придется =(