[laimas]

По поводу куда положить скрипт:

Нужно придерживаться правила - в каталогах, которые содержат медиа данные, и в которые тем более производится запись файлов пользователей (загрузка), нужно запрещать выполнение любых скриптов.

Скрипт может быть помещен куда угодно, это может быть например закрытый для внешнего доступа каталог хранящий подключаемые скрипты, если данный процесс запускается в каком либо скрипте по запросу, либо прописан в каком либо скрипте выполняющем эту задачу.

Место положения скрипта будет влиять только на путь к каталогу содержащему каталоги пользователей, то есть то как он будет указан в переменной $dir.

То есть, если исходить из логичного, то вряд ли на сервере есть url, который напрямую будет обращаться к скрипту выполняющему эту операцию, скорее всего это составная часть какой-то задачи, так?

В примере же описан случай, когда скрипт и каталог содержащий каталоги с файлами пользователя находятся на одном уровне вложения, например от корня документов.