Мне не сложно пояснить чего я не понимаю. Но начну с того, что в sql (каким sql сервером вы пользуетесь я не в курсе) существует понятие индекс. Если смотреть на вашу выборку и к примеру разрешать запись в поля Tool1Identifier и Tool2Identifier только уникальных значений, то прежде нужно ответить на вопрос "уникальности чего?", если для каждого поля, то уникальный индекс каждому полю, а если уникальность для набора двух полей, то составной индекс для этих полей.
Понимаете к чему я это? Если взять одну часть ваших пояснений, то можно предположить, что ищутся уникальные вхождения в обеих полях. Но в таком случае нужно взять значения этих полей, объединить их в один массив, удалить пустые значения, получить только уникальные значения полученного массива и подсчитать их количество. Все решение этого тогда сводится к следующему:
$cnt = count(array_unique(array_diff(array_merge(array_column($employeeid, "Tool1Identifier"), array_column($employeeid, "Tool2Identifier")), [null])));
Но как понять тогда позицию 13 где отмечено 265, 203, если 265 ранее уже встречалось? Так что вы ищите уникальное единичное значение в обеих полях или это плюс уникальность наборов?