[JsLoveR]

mypaku,
Вот, можно сократить Ваш код, ибо у Вас много ненужных проверок, смысл в том, что если у Вас будет больше 10 чекбоксов пришлось бы каждое имя чекбокса прибавлять и проверять выбрано оно или нет , а так просто вписать в html инпут и дать ему его имя и сумму в value.

function Calc()
{

var pens=0;
 var All=document.forms['calceR'];

for(var i = 0; i < All.elements.length; ++i) {

	if(All.elements[i].checked){
	pens = pens + parseInt(All.elements[i].value)  ;
	 document.getElementById('result').innerHTML=pens+' руб.';
    }
	else document.getElementById('result').innerHTML=pens+' руб.';
	}
	 
}

<form name="calceR">
	<table  border="1" cellspacing="0" cellpadding="4" style="font-family:Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size:12px; ">
	<tr>
	<td><b>Ручки по цене 700 руб.</b></td>
	<td><input name="pen" onclick="Calc()"  type="checkbox" value="700"></td>
	</tr>
	 <tr>
	<td><b>Ручки по цене 1400 руб.</b></td>
	<td><input name="pen1"  type="checkbox" onclick="Calc()" value="1400"></td>
	</tr>
	<td>Итого:</td><td id="result" colspan="2" align="right">0 руб.</td>
	</table>
	</form>