tenshi,
не совсем понял, что вы имеете в виду.
У меня, например, можно сделать такую анимацию на основе описанных вами классов:
Q(element).change({
"background": ["00f", "f00"],
"font-size": [12, 8]
}, CarbonJS.Transitions.Line.EaseIn, 1000);
Только у меня все размерные величины в px считаются, em и пр. задавать нельзя самому.