<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js"></script>
<script>
$(function() {
$('.save').on('click', function(){
var d = $.map($('td.protokol'), function(e) {
return 'protokol[]=' + $(e).text()
}).join('&');
alert(d) //это, переменную d, и отправлять
});
});
</script>
</head>
<body>
<table>
<tr>
<td class="protokol">1</td>
<td class="protokol">2</td>
</tr>
<tr>
<td class="protokol">3</td>
<td class="protokol">4</td>
</tr>
</table>
<button class="save">SAVE</button>
</body>
</html>
И только в случае, если некоторые позиции могут быть пустыми, и нужна будет привязка, тогда можно и ключи использовать.