[Dilettante_Pro]

LADYX,
Одинаковых id не должно быть ни в коем случае.

Попробуйте сделать блоки 1 и 2 не вложенными.
Например, вместо

<div class="banner"><div id="sticky">
<h3>БЛОК №2</h3>
</div></div>

сделать

<div class="banner" id="sticky2">
<h3>БЛОК №2</h3>
</div>

Ну и, естественно,

$(document).ready(function() {
    $('#sticky1').stickyBox({
        stopper: '.footer'
    });
    $('#sticky2').stickyBox({
        stopper: '.footer'
    });
});