[Vlasenko Fedor]

так напиши

exec('node myscript.js > /dev/null 2>&1');

таким образом запустишь скрипт в отдельном потоке
https://habrahabr.ru/post/138591/
возможные проблемы
использовать nohup (nohup node myscript.js)
использовать полный путь к бинарнику node