dima85, так пойдет?
<div id="name1">hello name1</div>
<div id="test">hello test</div>
<script type='text/javascript'>
var str='test((name1))testdfe ((test))';
var arr=str.match(/\(\(\S+?\)\)/gim);
for (var i=0; i<arr.length; i++) {
var id=arr[i].match(/[^()]+/);
var txt=document.getElementById(id).innerHTML
str = str.replace(new RegExp('\\(\\('+id+'\\)\\)','gim'), txt);
};
alert(str);
</script>