Ну что же. Отвечу сам на свой вопрос. Может кому то в будущем пригодится. Проблема заключалась в том, что нужно было добавить пару плагинов для того, что бы webpack-dev-server подгружал index.html и для порядка загрузки скриптов.
Вот собственно кусочек кода который решает проблему.
new webpack.optimize.CommonsChunkPlugin({
name: ['main', 'polyfills']
}),
new HtmlWebpackPlugin({
template: 'index.html'
})