[MetaDriver]

Немного уточню. Если я правильно понимаю, в ангуляр js невозможно инкапсулировать внешний .css файл (т.е. применить определённый .css файл только к определённому шаблону, а остальные .css стили изолировать).

Невозможно - сказано довольно чрезмерно. Возможно: но таки для этого придётся самому это запилить (возможны различные реализации). Но таки, ДА, - из коробки первый ангулар этого не умеет, как и множество других фреймворков.

Отдельные папки создаются просто для удобства... а при сборке все стили укладываются в одну строки и если имеются разные по свойствам стили, но с одинаковыми именами - то будут траблы при наложении стилей.

Угу. Большая часть современного вэба так и работает. И ДА, есть такая трабла с нежелательным наложением/переопределением стилей. И есть разные костыли для обхода (автоматизированные и ручные). Один из таких костылей - вышеупомянутый БЭМ.

Если это так, то это довольно неудобно и придётся для каждого шаблона делать .css стили с уникальными именами, чтобы избежать наложений (особенно в популярных тегах).

Вот примерно так тот самый БЭМ и работает. Хорошая новость в том, что проблема слабой и недостаточной инкапуляции в CSS давно и хорошо известна, и прорабатывается потихоньку сразу с двух концов: (1) путём внедрения новых фишек в стандарт (вэб-компоненты) и (2) путём более-менее автоматизированного обхода проблемы в различных фреймворках (например Ангулар-2 имеет встроенный инструмент для инкапсуляции) и методологиях проектирования таблиц стилей (тот же БЭМ). И, кстати, ваш этот сторонний модуль angular-css - он тоже это умеет, просто вы синтаксически неправильно его готовите. Просто покурите ещё его мануал, поправьте ваш код, и он взлетит.
Удачи.