[Stenli]

$('p', div).remove()

Да, так тоже пробовал. Не работает.

$(document).ready(function() {

            var ToC = '<nav role="navigation" class="table-of-contents">' + '<ul>';
            var newLine, el, title, pel;


            $('#sendTo').on('click', function () {

                var insertData = $('#insertArea').val();
                var div = $("<div>", {html : insertData});

                $(':header', div).each(function (i,el) {
                    el = $(el);
                    var title = el.text();
                    /*el.attr('id' , title).html(title);*/
                    el.html('<a id="' + title + '"></a>'+title);

                    newLine = '<li>' + '<a href="#' + title + '">' + title + '</a>' + '</li>';
                    ToC += newLine;
                });

                ToC += '</ul>' + '</nav>' + div.html();
                $('#pastArea').val(ToC);

                $('p', div).remove();

            });
        });

Спасибо за разъяснения.